Jaja, einfach mal alles löschen, was man nicht zuordnen kann...

Ne, den fehler haben schon viele gemacht, weil sie dachten, das wären die Installationspakete, die man ja nicht mehr braucht. Vom Namen her sind die ja identisch. Allerdings sind die Receipts deutlich kleiner, weil sie nur die Quittungen sind.
Im Prinzip kann man da schon welche drin löschen und zwar alle Pakete für Software, die man nicht mehr hat. Aber im Zweifelsfall einfach drauf lassen. Schaden tun sie nicht.
Wenn Du alle gelöscht hast, dann fehlen nicht nur die "BaseSystem.pkg". Das ist nur das erste Paket, was das FPDP benutzt und welches auch unbedingt da sein muß. Es werden aber auch nur die Sachen überprüft/repariert, für die Quittungen da sind. Sprich, wenn Du nur BaseSystem.pkg hast, dann werden auch nur die Rechte des Basis-System (und vermutlich auch nur die Dateien der ursprünglichen Systemversion) geprüft/repariert. Updates und andere Software legen ja jeweils ein eigenes Receipt ab, in dem die gültigen Rechte für die neuen Dateien stehen...