Naja, an dieser Stelle kann man es irgendwie nicht allen Recht machen...

Wenn Du einen Anhang in Mail doppelklickst (statt ihn erst abzuspeichern), dann denkt Mail (ab der Tiger-Version) "Auweia, der User denkt, der Anhang ist bereits eine Datei, also mach' ich schnell eine und rufe dann das Standardprogramm für diesen Dateityp auf, um sie zu öffnen."
Hier in dem Fall erzeugt Mail eine PDF-Datei im Ordner ~/Library/Mail Downloads und ruft Vorschau auf. Vorschau hat keine Chance zu erkennen, dass diese Datei früher mal zu einer Mail-Nachricht gehört hat. Die Datei kann ganz normal bearbeitet und wieder gespeichert werden.
Wenn Du nun aber den gleichen Anhang
nochmal öffnest, passiert wieder dasselbe. Da hierbei exakt der gleiche Dateiname erzeugt wird, überschreibt das Original-PDF das bearbeitete PDF. Die Änderung ist weg. Du müsstest also erst die bearbeitete Fassung aus dem Ordner "Mail Downloads" retten, und damit etwas sinnvolles machen.
Wie man Anmerkungen an bestimmte Mail-Nachrichten knüpft, ist nun wieder ein ganz anderes Problem. Was Mail im Moment macht, nämlich überhaupt keine Änderungen am Original zuzulassen, ist eigentlich korrekt. Du könntest nämlich sonst in juristische Schwierigkeiten kommen.
Wenn Du den Rechner für Geschäftszwecke einsetzt und je nach dem, was in der Mail-Nachricht drinsteht, kann es - zumindest nach deutschem Recht (Abgabenordnung und Handelsgesetz, IANAL...) - sein, dass die Mail als Geschäftsdokument gilt. Das heißt aber, dass diese Mail mindestens 6 Jahre aufbewahrt werden muss, und zwar in exakter inhaltlicher Übereinstimmung mit dem Original.
Da bleibt also nichts anderes, als die Mail zu exportieren (wodurch eine Kopie im TXT- oder RTF-Format erstellt wird), wenn man etwas kommentieren will. An der Kopie darf man dann ändern.