Wie formatiert und partitioniert man sowas?
Mit dem Festplatten-Dienstprogramm.

Empfiehlt es sich für Time Machine eine eigene Partition zu haben?
Kommt darauf an, wofür der "Rest" der Platte genutzt werden soll. Für Time Machine wird automatisch ein Ordner angelegt, so dass die Daten auch so schon sauber abgegrenzt sind. Das Problem ist, dass die Daten von Time Machine im Laufe der Monate und Jahre immer weiter anwachsen, bis die komplette Partition voll ist. Wenn ansonsten auf der Platte Daten rumliegen, die "Read-Only"-Charakter haben und wo nach dem ersten Bespielen keine weitere Daten mehr hinzukommen, dann ist eine Partitionierung nicht nötig. Wenn man aber immer freien Reserveplatz auf der Platte braucht, der einem von Time Machine nicht weggeschnappt werden soll, dann muss man partitionieren.
Damit das geklonte OS X das MacBook bootet muss man doch GUID Partitionsschema angekreuzt haben?
Nein, das geht im Moment auch noch mit dem Apple-"pdisk"-Schema. Apple gibt aber keine Garantie, dass zukünftige Computer auch noch davon booten können werden. Das Installationsprogramm von Mac OS X verhindert bereits heute, das System auf einem Intel-Rechner mit Apple-Schema zu installieren. Klonen und Booten geht aber zurzeit trotzdem.
Wird die FAT 32 Partition von Windows dann überhaupt erkannt?
Normalerweise ja.