Ich habe jetzt mal gegoogelt. Das Problem zieht sich scheinbar seit Anfang an durch alle OS-X-Versionen.

Es scheint auch zig Ursachen zu geben, aber keinen verlässlichen Lösungsweg.
In den Landeseinstellungen/Tastaturmenü hast Du ja sicher die korrekte Einstellung gewählt , nehme ich jetzt mal an. Lässt sich das betreffende Preference Pane „Landeseinstellungen“ in den Systemeinstellungen überhaupt noch öffnen?
Dieses Thema ist vielleicht auch interessant. Vielleicht ist es ja doch irgendeine Software.
Wenn nicht, müssen wir dia Problem einkreisen:
Ist es egal, welcher User nach Neustart einloggt? Erstelle vielleicht mal einen Testuser.
Ich nehme an der Verdacht mir dem Display hat sich nicht bestätigt? Würde mich auch wundern.
Die Standardsprache steht natürlich in einer .plist, ich glaube .GlobalPreferences.plist (wegen dem Punkt am Anfang unsichtbar, einfach suchen im Finder…), aber die würde ich erstmal in Ruhe lassen, denn da steht noch viel mehr drin.