Die Frage ist, wie kann ich das tun ohne Mails bei der Umstellung zu löschen oder zu verlieren?
In Mail kannst Du Accounts nicht umstellen.
Generiere also zwei neue IMAP-Accounts. Die POP-Accounts bleiben dabei bestehen, die Mails sind lokal bei Dir gespeichert (geht bei POP gar nicht anders).
Danach kopierst Du die POP-Mails in die IMAP-Accounts.
Du kannst beliebige Ordner anlegen. Wichtig dabei ist es zu beachten, was man auch offline haben will. Über „Neues Postfach“ kannst Du auswählen, ob es lokal oder auf einen der IMAP-Account soll. Wird natürlich dann nicht mehr synchronisiert mit dem Server und dem iPad.
Eine Alternative zu mehreren IMAP-Accounts wäre, die POP-Accounts vom IMAP-Server abrufen zu lassen. Nennt sich meistens Sammeldienst und viele Mailprovider bieten dies an.
Edit: Achja und wie kann ich dann die umgestellten Konten 1 zu 1 ins iPad übertragen?
Ganz einfach synchronisieren, also in iTunes das iPad auswählen und die entsprechende Option für Mail-Accounts auswählen. Dabei werden die Zugangsdaten kopiert. Mail auf dem iPad verbindet sich dann mit den IMAP-Servern und holt sich die Ordnerstruktur(en).