Ich glaube, es wurde mal nach einer Erklärung des Zertifikatssystems für „Anleitungen“ gefragt. Dann werde ich das wohl mal machen demnächst.
Ja, die werden mit OS X ausgeliefert. Ja, die können über Updates ergänzt oder entfernt werden (wie im Falle DigiNotar). Die kann man löschen, aber nur über einen Umweg, Probleme hat man nur u.U., dass dann irgendwann der Browser fragt: „Diese Seite weist sich mit einem Zertifikat einer unbekannten Zertifizierungsstelle aus. Was tun?“.
Die liegen in Roots, weil sie eben die Basis sind, auf denen andere Zertifikate aufsetzen.