Also vorneweg:
Bei den Dateien/Ordnern mit Zahlen im Namen handelt es sich um Dateien/Ordner, die ursprünglich den gleichen Namen hatten. Legt man eine Datei mit Namen xy in den Papierkorb und dann danach eine andere Datei mit gleichem Namen xy in den Papierkorb, dann wird eine von denen mit einem Zahlenkürzel umbenannt, damit die beiden unterscheidbar sind.
Den Ordner "com.apple.Notes" finde ich bei mir unter ~/Library/Containers. Mit ~ ist jeweils der eigene Benutzerordner gemeint, also nicht der Ursprung der Festplatte oder der Ordner /System! In diesen beiden Ordnern gibt es nämlich auch einen Unterordner Library.
In dem Ordner "com.apple.Notes" sind alle Daten des Programmes gespeichert, die Du angelegt hast. An den Zahlen kann man sehen, dass Du diesen Ordner dreimal gelöscht hast. D.h. Du hast erst den ursprünglichen Ordner gelöscht und wenn der nicht mehr vorhanden ist, dass legt das Programm diesen wieder neu mit leeren Daten an. Dann hast Du noch zweimal versucht den zu löschen. Wenn Du keine Daten auf den Notizzetteln gespeichert hattest, dann brauchst Du den Ordner nicht zurückzulegen. Auf dem Mac kann man die Daten/Voreinstellungen eines Programmes meist gefahrlos löschen, weil die dann wieder neu mit Standardwerten angelegt werden.
Wo die anderen Dateien herkommen, weiß ich auch nicht. So auf die Schnelle finde ich die bei mir nicht. Wie hast Du es denn geschafft, die zu löschen?
Leg Dir die einfach mal zur Seite, aber ich vermute, dass Du die nicht mehr brauchst.