Ich habe jetzt mal den Haken bei "Schlüsselbund Anwendung nach 3 Minuten schützen" weggemacht. Das scheint zu nützen. 
Ach so, Du hast absichtlich eingestellt, dass Du den Schlüsselbund ständig wieder öffnen musst. Dann ist das Verhalten kein Fehler, sondern gewollt.
Jetzt macht der Mac aber nicht mehr was ich möchte: Neben der Useranmeldung eine zusätzlichen Schutz vor meinen Passwörtern aufzubauen. Ich möchte den Tresor in dem die Passwörter liegen nur bei Bedarf öffnen. Ic hdachte, das ist exakt die Aufgabe eines Passwortmanagers??
Und genau das ist doch das Verhalten bei Dir. Bei Bedarf, also immer, wenn ein Programm auf von ihm hinterlegte Daten im Schlüsselbund zugreifen will und der Schlüsselbund verschlossen ist, wirst Du nach dem Kennwort gefragt. Ist nur ziemlich nervig, wie Du selber feststellst, da viele Programme dort Daten ablegen.
Am liebsten würde ich hier differenzieren: die Anmeldung an der Apfelinsel läuft automatisch durch, die Anmeldung auf Seiten, wo man Geld ausgeben kann, fragt nach einem Generalpasswort. Mail.app und Telefon.app bekommen einmalig eine Autorisierung für ihre verschlüsselten Anmeldungen.
Genau das kannst Du bei jedem Eintrag im Schlüsselbund einzeln festlegen. Der Schlüsselbund selber muss aber offen sein. Mach mal einen Doppelklick auf einen Eintrag im Schlüsselbund. Unter dem Reiter "Zugriff" kannst Du definieren, wie darauf zugegriffen werden kann und welches Programm zugriffsberechtigt ist.
Und wer sind denn all diese Trojaner (System?)Dienste, die ab sofort, dank meiner Generallvollmacht, auf meinem Mac rumfuhrwerken dürfen?
Das dürfen sie doch gar nicht. Standardmäßig können Programme nur auf Daten zugreifen, die sie selber im Schlüsselbund abgelegt haben und auf keine anderen.
Was machen die da? Ermächtigen die sich zum Admin Prozess? Greifen die (potentiell) auf meine Passwörter zu? Mein Generalpasswort ist doch der Schlüssel dafür??
Nichts von alle dem. Das Kennwort erfragt nicht das jeweilige Programm und es erfährt auch nichts von diesem. Ein Programm kann Daten (meist Kennwörter etc.) im Schlüsselbund speichern. Standardmäßig kann ein Programm auch nur auf diese selbst erstellten Einträge zugreifen. Es versucht darauf zuzugreifen und dann fragt evtl. die Schlüsselbundverwaltung nach dem Kennwort, um dies zu erlauben.
Das ganze dient nur dazu, dass Programme sicherheitsrelevante Daten an einer zentralen Stelle ablegen können, ohne dass sie sich selber um eine sichere Speicherung (z.B. in einer verschlüsselten Datei) kümmern müssten.