Grundsätzliche Frage zum Workflow.
Ist es erforderlich das nach den weiteren Maßnahmen die ich nun machen soll, der iMac immer neue gestartet werden sollte.
Das kommt darauf an. Bei den Internet Plugins garantiert nicht, bei den kext und Launch Daemons schon eher. Ich würde sagen: Mit einem Neustart machst du auf jeden Fall nichts falsch...

Gestern Abend habe ich auf MBP einen Film aus der Mediathek von ZDF angeschaut. Während des Film kam eine Meldung dass Java aktualisiert werden muss. Ich habe die Meldung weggeblickt, der Film lief aber während der Meldung weiter und nach wegblicken auch.
Hat dieses Verhalten mit Java und den Plugins zu tun?
Sehr, sehr unwahrscheinlich. Du scheinst ja noch das Java von Oracle installiert zu haben und da kann eine Meldung über ein Java-Update völlig unabhängig von dem, was Du gerade machst, erscheinen. Oder es war gar keine echte Updatemeldung von Oracle, sondern eine Falle auf einer Website, um Malware zu installieren.
Java selber (eine Programmiersprache) benötigt man schon für viele Programme. Aber Java als Plugin im Browser ist schon seit Jahren tot. Noch toter als Flash.
Ist es richtig dass trotz Updates, Systemdienste usw.alte nicht mehr benötigte files auf dem Rechner bleiben?
Natürlich. Denn woher soll das System wirklich wissen, ob sie nicht mehr benutzt werden? Würde es da automatische Löschroutinen geben, würden die garantiert irgendwann mal was falsches löschen und dann wäre der Ärger groß.
Werden die Systemdienste gem. Bresink überhaupt noch automatisch durchgeführt und bringen die was?
Zweimal ja, AFAIK.
Falls alte nicht mehr benötigte files auf dem Rechner verbleiben dann wäre es doch besser keine OS X Updates zu machen sondern immer frisch zu installieren.
Naja, wenn man zu viel zeit hat, alles wieder haargenau so einzurichten...
Solche nicht mehr benötigten Dateien sind meist nur klein und machen keine Probleme.
Nur damit Dir das klar ist: Dein eigentliches Problem ist gelöst und das Aufräumen der Meldungen von Etrecheck hat keinen zwingenden Grund. Es ist mehr ein "Putzen und Aufräumen, damit mehr Ordnung ist".